Geen dag is het zelfde en de dynamiek maakt het afwisselend en totaal niet saai. Toch zijn er ook een aantal uitdagingen. Zo is het medicijnentekort een actueel thema waar elke apotheek mee te maken heeft. Vanuit de branche en de politiek worden er diverse maatregelen bedacht en uitgevoerd om te zoeken naar passende oplossingen. Daarnaast is de invloed van de verzekeraars met betrekking tot het leveren van bepaalde medicatie niet altijd heel gemakkelijk voor de assistent. Hij of zij zal de patiënt soms een ander merk of medicijn moet leveren dan in eerste instantie werd voorgeschreven door de arts. Hierbij komt ook naar voren dat de patiënt tegenwoordig veel mondiger is dan in het verleden. Patiënten denken vaak dat zij de kennis hebben, waardoor de assistent vakinhoudelijk goed op de hoogte moet zijn om hen te kunnen voorzien van het juiste advies. Dit maakt het vak van apothekersassistent uitdagend maar soms ook lastig.